日前,中国热带农业科学院“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队负责搭建的橡胶树HeveaDB基因组数据库平台(hevea.catas.cn)上线运行,并在国际橡胶研究与发展委员会(IRRDB)各成员国间开展测试工作。经过1个月的测试,数据库平台各项指标保持稳定,运行可靠,达到预期效果。
  近年来,随着基因组测序技术的进步,已有四个国家(马来西亚、泰国、中国和日本)独立绘制并公开发表了橡胶树基因组草图,其中由中国热带农业科学院橡胶研究所完成的草图版本质量最高。同时还产生了大量转录组数据。这些数据亟需一个整合的数据平台来储存、分发和共享,并进行二次挖掘利用。
  2017年召开的IRC2017国际橡胶会议提出要搭建橡胶树基因组数据中心的计划。在IRRDB理事会上,中国热科院代表经过争取,获得了牵头搭建橡胶树基因组数据中心的任务,并由“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队承担开发工作。经过努力,创新团队成功搭建了橡胶树基因组数据库HeveaDB初期版本,并于2018年4月底在国内外开展试运行测试。
  HeveaDB数据库主要储存了橡胶树4个版本的基因组草图、1个遗传图谱、142个转录组数据、49235条EST序列、30200个基因注释、12个基因家族的信息,以及5049个IRRDB 1981’野生种质资源材料和18328个魏克汉材料信息。并以中国热科院橡胶研究所完成的热研7-33-97品种的基因组数据为参考基因组,进行了二次挖掘和分析,进行可视化展示。
来源:橡胶技术网
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